Trong những năm 1941-1942, Whaddon phục vụ tại Bắc Hải trong vai trò hộ tống các đoàn tàu vận tải. Nó được điều sang khu vực Địa Trung Hải vào tháng 3 năm 1943, làm nhiệm vụ tuần tra và hộ tống, và đã hỗ trợ cho các cuộc đổ bộ của lực lượng Đồng Minh trong các Chiến dịch Husky lên Sicily và Chiến dịch Avalanche lên Salerno.

Sau chiến tranh, Whaddon khởi hành từ Gibraltar vào ngày 29 tháng 9 năm 1945 để đi Devonport, nơi nó được đưa về thành phần dự bị.[2] Con tàu bị tháo dỡ tại Faslane vào tháng 4 năm 1959.